直径大于3厘米的卵巢巧克力囊肿需要手术完全去除，手术常选择腹腔镜保守性手术，保留患者生育功能，尽量去除卵巢子宫内膜异位囊肿，同时分离盆腔粘连。手术方式可选择激光，电凝烧灼破坏囊肿壁或是子宫内膜异位囊肿剥除术。因患者合并不孕，可同时行宫腔镜检查以及输卵管通夜术。

　　卵巢子宫异位囊肿剥除术是信赖的手术方式。若囊肿较大，粘连紧密，不能剥离干净，可行卵巢部分切除术；若卵巢组织已完全被异位内膜组织破坏，且粘连严重无法行卵巢部分切除术时，可行卵巢摘除术。